L'attuale club è stato formato nel 1945, anno in cui il club di ginnastica TV Hoffenheim (fondato nel 1899) e il club calcistico FV Hoffenheim (fondato nel 1921) si unirono. Fino all'inizio degli anni '90, fu una squadra di nessuna importanza nazionale che giocò per la maggior parte degli anni in Baden-Württemberg A-Liga, la settima divisione. Nel 1996 la squadra migliorò i risultati e venne promossa in Verbandsliga Nordbaden (V).
Nel 1999Dietmar Hopp, co-fondatore della SAP, ritornò nel suo club di gioventù come finanziatore e i suoi contributi diedero immediatamente i suoi frutti: nel 2000, l'Hooffenheim finì primo in Vebandsliga e fu promosso in Oberliga Baden-Württemberg (IV). Con un altro primo posto l'anno successivo la squadra fu ammessa in Regionalliga Süd (III) per la stagione 2001-02. Al primo anno in terza serie il team terminò il campionato il 13° posto, ma l'anno seguente seppe rifarsi con un quinto posto.
L'Hoffenheim finì al quinto e al sesto posto nei campionati seguenti e nella stagione 2005-06 al quarto posto. Il club, inoltre, partecipò per la prima volta alla coppa nazionale nel 2003-04 venendo eliminato ai quarti di finale dal VfB Lubecca, compagine di seconda divisione; prima però estromise dalla competizione l'Eintracht Trier e il Karlsruher SC, squadre di Zweite Bundesliga e il Bayer Leverkusen squadra di Bundesliga.
Nel 2006 l'Hoffenheim ha messo in chiaro le proprie ambizioni di promozione decidendo la costruzione di uno stadio da 30.000 posti a sedere a Sinsheim (anche se prima esso doveva essere costruito ad Heidelberg) che possa ospitare le partite di Bundesliga. Lo stadio sostituirà quello attuale, il Dietmar Hopp stadion. Sempre nello stesso anno la società migliorò ulteriormente la rosa e lo staff della squadra ingaggiando giocatori di serie superiore come Jochen Seitz e Tomislav Marić e l'allenatore Ralf Rangnick, ex VfB Stuttgart, Hannover 96 e Schalke 04. Grazie a questi acquisti la squadra alla fine della stagione 2006-07 si è classificata al secondo posto in Regionalliga guadagnando la promozione in seconda divisione con quattro giornate d'anticipo.